Contrairement à la fortification, qui consiste à enrichir les aliments pendant leur transformation industrielle (ajout d’iode au sel, par exemple), la biofortification améliore la qualité nutritionnelle des plantes durant leur croissance, de deux façons principalement :

• en sélectionnant et croisant diverses variétés naturellement riches en micronutriments (pour obtenir par exemple un riz plus riche en zinc) ;
• en utilisant le génie génétique pour insérer des gènes rendant les végétaux capables de synthétiser des nutriments absents naturellement (comme dans le cas du riz doré, enrichi en provitamine A).